1941年8月，邓华被调到第4军分区主持工作，年底被任命为晋察冀军区4军分区司令员，直到1944年2月，他在这里工作了两年半的时间。
第4军分区是晋察冀边区政府和军区领导机关所在地。它位于混伦河两岸，平原多，地域大，土地肥沃，盛产稻谷．因此，成为日军“扫荡”的重点。
从1941年起，晋察冀抗日根据地同敌人斗争的主要形式，是“扫荡一与反“扫荡”的殊死搏斗。在敌强我弱的情况下，邓华带领军分区主力避敌锋芒，巧妙转移，与敌人捉迷藏、跳圈子，摆脱敌之合击；同时抓住有利战机，在敌必经路上，进行伏击和阻击，突然开火速战速决。在分区主力部队打击敌人的同时，还派出部分兵力配合民兵和游击队打麻雀战、地雷战，打得敌人寸步难行，使敌人的扫荡付出了惨重的伤亡代价。分区的武装力量，不仅生存下来，而且在斗争中得到发展和成长。
进入1942年，日军在边区周围大修封锁沟、封锁墙，建立无人区，推行以堡垒推进为核心的“狐”活动，对边区威胁很大。这年9月，晋察冀军区为粉碎敌人的“扫荡”，渡过困难时期，召开了高于会议。会后，邓华领导4分区军民，坚决贯彻军区提出的“到敌后之敌后”的对敌斗争方针，组织游击队到根据地周围敌人统治地区活动，在那里建立小块根据地，敌进我也进，把敌人从面的占领压回据点去。从此，4分区的反“扫荡”、反“封锁”、反“蚕食”斗争进入了一个新的阶段。10月14日，邓华指挥到敌占区活动的部队，一举攻入灵寿县城，毙伤敌60余名，俘敌200余名，缴获许多枪支弹药和其它物资，连日本帝国政府首相东条英机颁发的金质奖章也缴获了，使敌伪极大惊恐。《晋察冀日报）｝10月16日发表祝捷社论说：当着敌人“在北岳区周围扬言‘扫荡’，加紧其‘蚕食’推进的时候，我们边区特别是北岳区人民，欣闻我军攻入灵寿城的新的胜利，谨向我子弟兵的英雄们致热诚的敬佩之意！”从9月到12月，4分区军民在邓华领导下，不断出击获胜，歼敌821名，摧毁敌堡垒11座，恢复和开辟村庄144个，渡过了最困难的时期。
到1943年，敌人对根据地进行所谓的“跃进蚕食”、“转辗扫荡”，和“毁灭扫荡”。但是由于根据地军民积累了对敌斗争经验，并且不断创造新的斗争方法，挫败了敌人的“蚕食”和“扫荡”。年初，针对敌人对4分区行唐地区的“蚕食’邓华指挥分区主力部队乘敌立足未稳之际，以迅速的动作跳到敌人背后，发起一系列攻击，从2月1日至10日的10天中，攻克西口头，三打刘库地，夜袭东寺，强攻谭庄，连获胜利，共毙伤敌伪军782人，狠狠打击了日军的疯狂气焰。与此同时，邓华还派部队到敌封锁沟外活动，袭击了平汉路上的东长寿车站。《晋察冀日报》2月20日报道对东长寿车站袭击时说：“敌伪于梦中忽闻枪声，不知所措，裸体逃奔。”。4分区地方武装和广大民兵，还组织飞行爆破组，飞行射击组，以冷枪射杀和地雷爆炸，给敌人以很大杀伤。在3、4两个月，4分区民兵共歼敌580余人。在9月至12月敌人发动的秋冬季“毁灭扫荡”期间，邓华领导4分区军民与敌战斗432次，歼敌2400余人，打破了敌人所谓“毁灭扫荡”。
1944年2月，中央军委在晋察冀军区抽调6个团组成机动旅（后改称教导第二旅），邓华被任命为这个旅的政治委员；与旅长黄永胜奉命率部开赴延安，执行保卫陕甘宁边区、保卫党中央汪务。
